Il Segretariato Generale per le Missioni è anch’esso un organo ausiliare del Regime Generale. Il compito del Segretariato consiste nella coordinazione e nel sostegno del lavoro della Società nelle terre di missione. Il Segretariato espleta la funzione di ponte tra le unità amministrative Pallottine, che esistono nelle terre di missione, e le altre che operano altrove. In riguardo a queste ultime il Segretariato cerca di aumentare la consapevolezza che tutti sono responsabili per l’annuncio del Vangelo in tutto il mondo. In ogni paese esiste un Segretariato Provinciale per le Missioni, che espleta la sua attività in accordo con il Segretariato Generale.

Il Segretariato Generale per le Missioni organizza ogni sei anni un Congresso dei Segretari per le Missioni, durante il quale si scambiano le esperienze e si discutono progetti di attività future.